Минфин России разъяснил, что оплата организацией за своих сотрудников стоимости проживания в арендуемом жилье может осуществляться только в качестве системы оплаты труда, принятой в компании. Данные выплаты относятся к оплате труда в натуральной форме. Они признаются доходом сотрудников и включаются в налоговую базу по НДФЛ (письмо Департамента налоговой и таможенной политики Минфина России от 14 ноября 2016 г. № 03-03-06/1/66710). 
Напомним, что возмещение расходов работника, связанных с удовлетворением его социально-хозяйственных потребностей, не может рассматриваться как затраты, осуществленные в рамках деятельности самой организации. Данные выплаты могут производиться только в качестве системы оплаты труда, принятой в организации (ст. 255 Налогового кодекса).

В то же время, при определении налоговой базы по НДФЛ учитываются все доходы налогоплательщика, полученные им как в денежной, так и в натуральной формах, или право на распоряжение которыми у него возникло (п. 1 ст. 210 НК РФ).

Оплата (полностью или частично) за него работодателем стоимости аренды жилья относится к доходам, полученным налогоплательщиком в натуральной форме (подп. 1 п. 2 ст. 211 НК РФ).

Отметим, также, что компенсационные выплаты работнику НДФЛ не облагаются (п. 3 ст. 217 НК РФ).

Вместе с тем, представители Минфина России уточнили, что аренда жилья сотрудников не относится к компенсации, так как под последней понимаются денежные выплаты, установленные в целях возмещения работникам затрат, связанных с исполнением ими трудовых обязанностей или иных предусмотренных федеральным законом обязанностей (ст. 164 Трудового кодекса). При исчислении налоговой базы по налогу на прибыль организаций такие выплаты учитываются в составе прочих расходов, связанных с производством и реализацией (подп. 49 п. 1 ст. 264 НК РФ), а не как в рассмотренном примере, в составе затрат на оплату труда.